Významnou část sbírkového fondu klatovského muzea tvoří archeologická sbírka. V bohatém souboru keramiky a bronzových předmětů je zastoupena především střední, mladší a pozdní doba bronzová, nechybí zde ani nálezy z období halštatského a laténského období.
Významnou částí muzejní práce je činnost etnografického pracoviště. Národopisná sbírka vznikala již v počátečních letech jako reakce na přípravu Národopisné výstavy českoslovanské. Stejně jako i v jiných regionech probíhaly v té době sběry hmotných dokladů života venkovského lidu i záznamy slovesnosti a zvyků.
Nejdéle vedenou sbírkou muzea je sbírka umělecko – historická, které se však v průběhu existence muzea věnovali mnozí odborní pracovníci muzea – historikové. Jejím základem byly již první předměty pocházející z pozůstalosti klatovského měšťana, mlynáře a krupaře Františka Junga.
Počátky knihovny souvisejí bezprostředně se vznikem muzea 14. září 1882, kdy byla zakoupena pozůstalost po sběrateli kuriozit Františku Jungovi. Jeho postavu barvitě vylíčil A. V. Šmilovský v povídce Krupař Kleofáš.